오랜 세월 대륙으로부터 문물을 받아들이는 창구였던 대마도를 일본은 군사적으로도 매우 중요하게 인식하고 있다.

따라서 그들은 육상자위대 예하의 쓰시마경비대, 해상자위대 예하의 쓰시마방비대, 항공자위대 예하의 제19경계대를 둠으로써 섬 전체를 군사기지로 만들어버린 셈이다.

독립부대 형식을 갖추고 있는 이 부대들은 총 700명 정도의 대원으로 구성되어 있다고 한다.

특히 헤표도는 한반도에서 40km 떨어진 섬으로 사람이 살지 않던 무인도였다. 1920년경 일본은 대마요새(対馬要塞)로 기획하여 해안포대를 배치하였는데, 한국전쟁 당시에는 미 공군기지로 사용되다가 1959년에 자위대에 이관되어 항공자위대 우니시마 분둔기지(海栗島分屯基地)가 설치되었다.

2017년까지는 탐지거리 200km 정도의 대공 탐색 레이더를 사용했는데, 최근에는 최신형 J/FPS-7 레이더로 교체하여 탐지 범위가 500km나 된다. 따라서 이 기지는 일본의 미사일 공격을 방어하는 제일 저지선 역할을 하게 되는 것이다.

10년 전, 한국 여행객 송모 씨가 실종되었다가 대마도 해상자위대 숙소에서 주검이 발견되는 일이 있었다. 자위대원들이 납치한 것으로 추정할 뿐 확인되지 않은 의문사로 끝나고 말았다.