신라 건국 초기『삼국사기』에 왜인들의 침입 기사가 자주 나타나는 것으로 보아 왜국과 신라는 좋은 관계가 아니었다는 것을 쉽게 알 수 있다.

720년 완성된『일본서기』에는 신공황후가 대마도를 출항해 신라를 침략한 기사가 있다. 이 가공의 신화를 사실로 구체화하기 위해 일본은 대마도에 그녀가 탔다는 신마(神馬)와 신사(神社)를 세워두었다. 이 설화는 반(反)신라 정서에 기반을 둔 것이다. 백제의 멸망은 일본국의 탄생의 촉매제 역할을 하게 되었으며 그들은 백제의 유민과 더불어 백제의 역사까지『일본서기』에 리모델링하고 있다.

627년 백제가 신라를 공격하자, 신라는 당에게 도와 달라고 사정하지만 받아들여지지 않았다. 김춘추는 642년 고구려를 찾아가 화친을 맺고, 647년 일본으로 쫓아갔으나 별 소득을 얻지 못했다. 이때 백제는 당과 적대 관계로 변하고 있었다. 이 기회를 포착한 김춘추는 648년 당나라로 달려가 나·당 연합군을 형성하여 백제를 공격하자고 제안하였다. 649년 신라의 김다수(金多遂)가 왜국에 즉시 파견되었으나 성과를 얻지 못했다. 백제를 정복하려면 그들의 혈맹인 왜국을 떼어내는 것이 신라로써는 절대 절명한 사안이기 때문이었다.

660년에 나·당 연합군은 백제의 수도 사비성이 함락하였다. 의자왕을 비롯한 귀족들이 당에 끌려가고 남은 백성들은 약탈의 대상이 되었다. 백제는 그냥 주제 앉지 않았다. 귀실복신은 당시 왜국에 체류 중이던 백제의 왕자 부여풍을 임시 왕으로 추대하여 백제부흥운동을 일으켰다.

661년부터 혈연적·문화적으로 가까웠던 왜국은 백제에 군수물자와 병력을 지원했다. 그러나 백·왜 연합군은 663년 8월 나·당 연합군과 벌인 백강전투에서 패하고 말았다. 이 전투를 중국은 백강구 전투(白江口之战), 일본은 백촌강 전투(白村江の戦い)라고 부르고 있는데 신라의 백강은 현재의 금강하구 부근이다. 왜군 42,000명, 왜 함선 800척이 당군 17,000명과 함선 170척에게 여지없이 깨지고 말았으니 참으로 어처구니없는 일이었다.

당나라는 667년 9월부터 고구려를 공략하였고 이듬해 평양성은 내부의 혼란을 겪으며 무너지고 말았다.

당나라는 신라의 복속을 강력하게 요구하였다. 신라는 결연히 당과의 대결을 선퍼하였다. 이때 고구려와 백제 유민들은 신라와 손잡고 한반도에서 이민족을 쫓아내는데 하나가 되는 위대한 민족적 선택을 한다. 드디어 신라는 676년 이민족을 축출하고 삼국통일을 이룩했다.

백제 유민들은 왜군들과 일본열도로 탈출하였고, 다음 해인 664년 대마도와 이키섬에 봉화 등 방어체제를 구축하는 결정적인 역할을 하였다. 왜국은 이 참패를 교훈으로 국방과 정치제제의 변혁을 일으켜 670년 일본국을 탄생하였다.

이 시기에 일본 열도에 축성된 성은 전형적인 백제식 산성으로, 부소산성 성벽 토루를 닮았고 일부는 가공한 석재를 이용한 특이한 양상도 확인된다. 대마도의 가네타 산성은 백제식 산성으로 일부 구간은 통일신라식으로 석렬이나 석축이 덧대지기도 하였다.